În cadrul IMSP IMşiC activează 9 laboratoare ştiinţifice (Obstetrică, Perinatologie, Pediatrie, Neuropediatrie, Corecţie chirurgicală a viciilor congenitale la copii, Imunologie şi Microbiologie, Morfopatologie, Profilaxia Patologiilor Ereditare, Genetică Moleculară Umană.

IMSP IMşiC efectuează cercetări ştiinţifice fundamentale şi aplicative, întreprinde activităţi de inovare şi transfer tehnologic în scop de protecţie a sănătăţii mamei şi copilului prin acordarea unei asistenţe medicale calificate, bazată pe tehnologii medicale de înaltă performanţă, profilaxie, diagnosticare, tratament şi reabilitare a bolnavilor, promovare a modului sănătos de viaţă. Cercetările ştiinţifice în acest domeniu sunt efectuate pentru reducerea indicilor morbidităţii şi mortalităţii materne, perinatale, infantile, precum şi a invalidităţii copiilor în Republica Moldova. Studiul științific efectuat permite o analiză continuă a metodelor diagnostice și de tratament aplicate cu perfecționarea acestora și emitere de recomandări, protocoale.

Institutul Mamei și Copilului are o comunicare eficientă colaborativă cu AȘ RM, MS RM, CNAM în identificarea priorităților și implementarea strategiilor în contextul viziunilor trasate și posibilitatea atragerii suportului OMS, UNICEF, proiectelor comune cu USMF, AȘ RM, ONG-lor .

Profilul (direcţia) ştiinţific al instituţiei este sănătatea mamei şi copilului, determinat în conformitate cu priorităţile statului în sfera ştiinţei şi inovării şi cu tendinţele de dezvoltare ale ştiinţei medicale.

Activitatea ştiinţifică a instituţiei în vederea elaborării unor tehnologii avansate de diagnostic, tratament, prevenţie şi pronosticare a maladiilor la copii a permis diminuarea morbidităţii şi mortalităţii perinatale şi infantile în perioada 2012-2016 în Republica Moldova.

Pe parcursul perioadei de activitate, instituția a participat la implementarea multor proiecte cu suport internaţional, axate pe transferul tehnologic, instruire a cadrelor medicale, evaluare a calităţii implementării tehnologiilor, publicarea rezultatelor ştiinţifico-practice obţinute, formarea reţelei informaţionale.

O altă direcţie de activitate a instituţiei este prezența serviciului organizator-metodic ce coordonează activitatea întregii ramuri de asistență medicală mamei și copilului prin menținerea contactelor cu nivelurile inferioare de asistență.

Obiectivele de resort ale instituţiei se axează, de asemenea, în direcţia formării şi menţinerii potenţialului ştiinţific prin participarea activă în procesul de pregătire, reciclare şi perfecţionare a cadrelor înalt calificate, pentru necesităţile sferei ştiinţei şi inovării, precum şi ale învăţământului superior.